Az apátságot II. Kilit egri püspök alapította 1232-ben, a pilisszentkereszti ciszterci monostor filiájaként. Most kétmilliárd forintos állami támogatásból újítják fel.
Az Egri Főegyházmegye tájékoztatása szerint idén szeptemberben elkezdődik a bélapátfalvai ciszterci apátság felújítása - írta közösségi oldalán Horváth László országgyűlési képviselő, miniszterelnöki megbízott. Közlése alapján "az ehhez biztosított 2 milliárd forintos állami támogatásból kívül-belül megújul jelentős középkori vallási-kultúrtörténeti emlékhelyünk, hazánk egyetlen épségben megmaradt román stílusú apátsági temploma."
Ahogy az apátság honlapján olvasható, II. Kilit egri püspök alapította 1232-ben, a pilisszentkereszti ciszterci monostor filiájaként. A történeti adatok tanúsága szerint a templom építése meglehetősen elhúzódhatott, megszakította a tatárjárás, ami magában a templomban azonban nem okozhatott nagymértékű pusztítást. Ekkoriban csak a főfalak nagy része állhatott még, így a keleti oldalon a főszentély, talán a hármas ablakkal, az északi keresztház az oromfal magasságáig, a nyugati homlokzat a rózsaablak vállának magasságáig. A déli, kolostor felőli oldal valószínűleg szintén bizonyos magasságig felépülhetett, de lévén, hogy a déli mellékhajó teljes egészében 18. századi, és a főhajófal gótikus, erről jelenleg nem sokat lehet tudni. Az épület ekkoriban még boltozat nélkül állhatott, majd 1246-ban történik említés a templom Szent Tamás kápolnájáról.
Az 1289-es a kun belháborúk közepette Kun László seregei felégették az apátságot, a helyreállítás költségei miatt az apát a királyhoz folyamodott segítségért. 1383-ból is vannak építkezésre vonatkozó adatok. A 15. század végére az apátság fokozatosan elnéptelenedett, 1503-ra a perjellel együtt három szerzetes, 1508-ban pedig öt szerzetes élt itt. A monostor falai beomlottak, a templom is lepusztult. 1548-ban I. Ferdinánd szerezte meg az egri püspöki javadalmat és Bélháromkutat, ami 1678-ban az egri káptalan, majd 1700-ban I. Lipót rendeletére az egri papnevelő intézet tulajdonába került, azonban húsz év múltával már ismét romos állapotban volt. 1737-ben kezdődött a barokk kori helyreállítás Erdődy Gábor egri püspök támogatásával, több periódusban. A felszentelésre csak 1745-ben került sor. Ez lett Apátfalva plébániatemploma, az elpusztult kolostor köveit építkezésekhez hordták el. Keleti végéhez a 18. században építettek kontytetős, barokk sekrestyeházat.
Kimagasló értékű a későbbi barokk korból származó Szent Imre oltár, de itt található az ország legrégibb templomi orgonája is. A barokkos hullámvonalú orgonakarzat mellvédje a felújítások alkalmával nyerte mai formáját, akárcsak a különlegesen szép, XVI. Lajos stílusában kivitelezett szószék, bibliai történetek domborműveivel.
Az épület műemléki falkutatását Szakál Ernő kőszobrász restaurátor végezte el 1953-54-ben, illetve 1960-61-ben. A templom déli oldalán álló monostor romjait 1965-ben tárták fel, ekkor találták meg többek között a közel 800 év előtti vízvezeték elemeit.