Majdnem 10 év után nyithatott ki Közép-Európa egyik legrégibb tárlata. A munkálatok gyorsítását segítette, hogy az állam végül felvásárolta az alapítványi kézben lévő múzeumot.
A 17. és 18. század fordulóján Izabela Czartoryska hercegnő a Puławyban elterülő udvarának antik rotundájába rendezte be a család törökök leverését dicsőítő ereklyéit és különböző műtárgyait. Ez volt a Szibüllák Temploma, melyről a hercegnő akkor talán még nem is tudta, hogy egy nap Lengyelország legrégibb és legnagyobb történeti gyűjteménye fejlődik majd ki belőle.
Az 1830-as években kitört novemberi felkelés miatt a család a gyűjtemény egy részével együtt Párizsba menekült, ám mindvégig feltett szándék volt, hogy egy nap a meggyötört lengyel nemzet nemzeti örökségeként mutathassák fel a kollekciót, amelyet a család ezek után is folyamatosan gondozott. Az 1870-es évek elején Władysław Czartoryskinek sikerült végül visszamenekülnie az országba, egészen pontosan Krakkóba, ahol a város a gyűjtemény otthonának a régi arsenal épületét ajánlotta fel. Külön érdekesség, hogy a felújítására magát Viollet-le-Duc-öt kérték fel anno, aki maga helyett vejét, Maurice Ouradou-t ajánlotta a feladatra. 1878-ban végül megnyílt a ma ismert komplexum elődje, melyet Władysław herceg a halála napjáig folyamatosan gyarapított.
Meg kell jegyezni, hogy a múzeumnak később komoly magyar vonatkozása is volt. A 20. század elején már jól tudták, hogy a gyűjteményben számos nemzetközi szinten is nagyon értékes anyag rejtőzik. Mégis, nagy részük még feldolgozatlan volt, számos jelentős munka pedig még a kiállítótérbe sem került be és a nemzetközi szakiordalom sem ismerte őket. Jó tudta ezt akkoriban a két világháború közötti magyar művészettörténet és műemlékvédelem leghírhedtebb alakja is, Gerevich Tibor, aki kihasználva a lehetőséget, elsőként dolgozta fel és publikálta a gyűjtemény felfedezetlen darabjait.
A palotakomplexum a 21. századra kívülről azonban már korántsem tűnt európai viszonylatban is tekintélyes múzeumnak, sem a kiállítás technikát, sem a történelmi architektúra állapotát tekintve. A felújítást 2010-ben rendelte és kezdte meg a Czartoryski Alapítvány, mely önerőből, valamint Európai Uniós és norvég forrásokból tudta finanszírozni a munkálatokat. 2017-től anyagi támogatást azután főként a lengyel állam biztosított, aki egy évvel korábban felvásárolta a teljes komplexumot. Az épületegyüttes nem csak megújult, de a kiállítóterek is bővültek.
A tárlatokat és a gépészetet modernizálták, de igyekeztek minél kevesebb kortárs építészeti beavatkozást eszközölni. Piotr Lewicki és Kazimierz Łatak építészek legszembetűnőbb kiegészítése csupán a reneszánsz udvar üveg-acél szerkezetes lefedése volt. Bárminemű új továbbépítést a régiekkel harmonizáló anyagokkal — például tölgyfával, rézzel, üveggel, vagy legfeljebb acéllal szándékoztak kivitelezni. A munkálatok egyik legtöbbet emlegetett eredménye, hogy a többnyire a felújítás finanszírozása érdekében is rengeteg időszaki kiállításra utaztatott Leonardo da Vinci festmény, a Hölgy hermelinnel most végre a műtárgy minden technikai igényét kiszolgáló, professzionális térben foglalhat helyet.